Inačica R donosi napredniji ovjes i kočnice te nove grafike
Za razliku od standardnog modela Z1000, onaj sa sufiksom R donosi kočnice Brembo M50 s diskovima promjera 310 mm te opletenim kočnim crijevima. Straga je ugrađen amortizer Öhlins S46DR1S s izdvojenim kotačićem za podešavanje tvrdoće, dok su postavke prednje vilice izmijenjene s ciljem postizanja reaktivnije upravljivosti. Redni četverocilindarski motor obujma 1043 ccm sada zadovoljava normu Euro4, a na izbor je ponuđena nova boja Metallic Graphite Grey. U prodajne salone stiže početkom 2017., a prodavat će se usporedo sa standardnim modelom Z1000.